空壓機冷卻器長時間使用后，冷卻器水中的鈣、鎂等碳酸鹽類物質會在其間構成水垢，水垢會影響冷卻器正常的傳熱，使螺桿空壓機進、排氣溫度增加，空氣不能被冷卻到預訂的溫度，直接影響到出產成本，甚至影響到安全運轉。所以，依據詳細情況應制定時清洗水垢的方案。
清洗水垢的辦法有二種：一是機械辦法，也即是物理清除法；另一種是化學法。
機械辦法是用鐵絲刷或用鐵絲裹上布條在管內來回拖動，把管內的水垢消除掉。
化學辦法，即是依據水垢通常為堿性物質的特點，用稀鹽酸把水垢溶解掉。可是酸的含量不能太高，否則會腐蝕金屬。詳細的清洗辦法：先制作稀鹽酸溶液，將5～10KG鹽酸參加100公斤水中，稀鹽酸槽放在冷卻器最低部，底部接一個皮管到小水泵，水泵與清洗的冷卻器通道構成回路循環。水泵開動后用稀鹽酸溶液進行循環清洗，通常清洗6小時擺布。如果冬天清洗，可把溶液加熱到70～80度，以加速清洗速度，提高清洗效果。稀鹽酸溶液清洗后，排出液體，然后用清水沖洗。為了防止酸性腐蝕，可用5%的蘇打溶液循環清洗10分鐘，最后用清水沖洗潔凈。